Dans son rapport public annuel 2016, la Cour des comptes consacre un chapitre au contrôle de légalité et au contrôle budgétaire exercé par les préfets sur certains actes des collectivités locales.

Le contrôle de légalité et le contrôle budgétaire ont été instaurés par les lois de décentralisation. Avant celles-ci, les actes des collectivités territoriales étaient soumis à un contrôle a priori de l’État. Depuis 1982, ce contrôle s’opère a posteriori et sur un nombre limité d’actes. Dans le cadre du contrôle de légalité, le préfet vérifie la conformité des actes pris par les collectivités territoriales et leurs établissements publics avec les dispositions législatives et réglementaires en vigueur. L’article 72 al. 6 de la Constitution prévoit que "dans les collectivités territoriales de la République, le représentant de l’État, représentant de chacun des membres du Gouvernement, a la charge des intérêts nationaux, du contrôle administratif et du respect des lois". C’est une conséquence directe de l’indivisibilité de la République laquelle implique que la loi et les décrets nationaux, édictés par des autorités centrales que sont le Parlement ou le pouvoir exécutif, soient respectés par les autorités publiques locales.

La réforme territoriale va, selon la Cour des comptes, entraîner la production de nombreux actes et une complexification du contrôle (fusion de régions, recentrage des compétences, suppression de la clause générale de compétence des régions et des départements, etc.).

Or, avant même la mise en oeuvre de la réforme, la Cour a constaté que les contrôles effectués étaient peu opérants et d’intensité variable selon les préfectures. Les réformes intervenues dans les services déconcentrés et les réductions d’effectifs ont contribué à désorganiser les services et à réduire les capacités d’expertise de l’État territorial.

Pour assurer le respect du principe d’égalité devant la loi, la Cour considère que l’État doit donner à ses services déconcentrés les moyens d’exercer pleinement leurs missions de contrôle sur les collectivités locales. Pour cela, la Cour recommande notamment d’achever la centralisation des contrôles en préfecture et de développer les mutualisations pour constituer des pôles d’expertise en réseau, de rééquilibrer les effectifs du contrôle de légalité et du contrôle budgétaire, d’assurer, en matière de contrôle de légalité, un suivi de la mise en oeuvre des priorités nationales et de cibler les actes présentant les enjeux les plus importants.