La présidence du Conseil (Conseil des ministres) est assurée à tour de rôle par les 28 États membres pour une durée de 6 mois chacun. Afin de rationaliser les activités du Conseil, la présidence est en fait assurée par des groupes prédéterminés de trois États membres (la troïka). Ainsi, durant 18 mois, les trois États qui vont successivement exercer la présidence élaborent un programme commun qui assure une continuité dans l’action.

L’État assurant la présidence dirige les réunions de toutes les formations du Conseil (excepté la formation des Affaires étrangères), les deux autres États assistant le président pour la mise en œuvre du programme déterminé en commun.

De janvier à juillet 2014, c’est la Grèce qui assure la présidence du Conseil : toute réunion, par exemple, du "Conseil Environnement" ayant lieu durant cette période sera présidée par le ministre grec de l’environnement.

Seul le « Conseil Affaires étrangères » est doté, depuis la mise en œuvre du traité de Lisbonne, d’un président permanent : le haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité (Mme Catherine Ashton depuis le 1er décembre 2009).