Dans son rapport public annuel 2015, la Cour des comptes se montre très critique envers la mise en oeuvre de la politique de l’eau.

La Cour dénonce, en premier lieu, le fonctionnement des agences de l’eau. Les agences sont le principal financeur de la politique de l’eau et elles disposent de ressources importantes issues de taxes ou redevances collectées auprès des usagers. La Cour constate que les aides versées par les agences sont parfois décidées dans des instances où l’État, seul responsable de la politique de l’eau, est minoritaire. Les décisions adoptées par ces instances peuvent ainsi ne pas correspondre aux objectifs nationaux et, au contraire, laisser prédominer des intérêts catégoriels. Concernant les redevances, la Cour regrette qu’elles soient essentiellement acquittées par les usagers domestiques. Les principaux pollueurs, agriculture et industrie, sont moins taxés depuis la loi sur l’eau et les milieux aquatiques. De fait, la Cour soulève un recul dans l’application du principe pollueur-payeur.

Les chambres régionales des comptes étudie, en second lieu, le fonctionnement des services d’eau et d’assainissement en gestion directe. Traditionnellement développée en zone rurale, la gestion directe de services d’eau par la commune a été choisie récemment par des grandes villes comme Grenoble ou Paris. Les chambres régionales ont mené des contrôles dans 70 de ces services. Elles constatent des progrès dans la gestion mais notent que des améliorations restent à apporter notamment en matière de connaissance patrimoniale ou d’évaluation du coût réel du service. La Cour recommande surtout un regroupement des services de l’eau à l’échelon intercommunal.